Mezi základní komplikace každého onemocnění močových cest patří močová infekce a tvorba močových kaménků. Příčina vzniku komplikací při neurogenním močovém měchýři je jednoduchá: nedostatečný odtok – hromadění moči z ledvinné pánvičky, močovodu a močového měchýře. Utvářejí se přímo ideální podmínky pro růst bakterií (infekce močových cest) a zvýšenou koncentraci – usazování solí v moči (kamínky močových cest).
K závažným komplikacím patří poškození ledvin zejména při vysokém tlaku moči v horních a dolních močových cestách. Ledviny bývají poškozené zpětným tokem vyprodukované moči a následnou tvorbou infekce a jizev. Zjizvení ledvin způsobí definitivní zánik normální schopnosti tvořit moč. K takové komplikaci dojde po několika letech nesprávné léčby míšního typu neurogenního močového měchýře.
K dalším méně závažným ale sociální významně nepříjemným komplikacím patří únik moči. Způsobuje ho porucha uskladňování moči při zvýšené dráždivosti močového měchýře při mozkovém nebo míšním typu. Vyskytuje se i při nervovém typu poruchy – při zavodnění přeplněného měchýře. V kombinovaných poruchách se vyskytuje poškození inervace svěrače a trvalý únik moči.
V určitých situacích může nastat náhlá zástava močení – retence moči. Vyskytuje se po míšním postižení, protože močový svěrač není koordinovaný a uvolněný během náhlého stahu močového měchýře.
Při výskytu kamínků a infekci močových cest může dojít ke krvácení, které se projeví červenou barvou moči. Ve většině případů to svědčí o poškození sliznice, ale někdy se krvácení vyskytuje při nádorovém onemocnění močových cest. Krvácení v moči se nesmí podcenit a vždy vyžaduje urologické vyšetření.